多肽是由多个氨基酸通过肽键连接而成的生物大分子，广泛存在于生物体内，参与许多重要的生命活动。在处理多肽的两端时，通常需要考虑其具体的生物学功能和应用目的。

1. 保持自由状态：如果多肽的两端对其生物学功能至关重要，或者需要进行进一步的生物化学反应，如与其他分子结合，形成更大的蛋白质等，那么通常会保持其两端的自由状态。例如，许多生长因子、激素等生物活性多肽，其两端的氨基酸残基直接参与受体的结合，因此需要保持自由状态。

2. 屏蔽起来：在某些情况下，为了保护多肽不被降解，或者减少其与其他分子的非特异性结合，会选择将其两端屏蔽起来。这通常是通过化学修饰的方式实现的，如酰胺化、酯化等。例如，许多药物研发中的多肽，为了避免在体内被快速降解，会将其两端进行修饰。

总的来说，多肽的两端应如何处理，取决于其具体的生物学功能和应用需求。在实际操作中，需要根据具体情况灵活选择。

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